Die ökologische Durchgängigkeit für Fische und andere Organismen stromauf- und stromabwärts ist neben anderen Bedingungen wie ein natürlicher Sedimenthaushalt und gute Wasserqualität die Grundvoraussetzung für die Ausbildung einer natürlichen Fischgemeinschaft. Viele Fließgewässer sind durch Gewässerbaumaßnahmen nicht mehr durchgängig. Das ist einer der Hauptgründe weshalb fast alle regional wandernden Fischarten als vom Aussterben bedroht und stark gefährdet gelten. Querbauwerke und Gewässerausbau beeinträchtigen in hohem Maße die ökologische Leistungsfähigkeit, die biologische Produktivität, die Selbstreinigungskraft und die Funktion des Gewässers im Naturhaushalt. Das Die Wiederherstellung der ökologischen Durchgängigkeit ist meist technisch lösbar und erfordert keinen großen Flächenbedarf, so dass es eine der am häufigsten durchgeführten Maßnahmen ist, um den Zustand der Gewässer zu verbessern.
Fast alle Fließgewässer in Brandenburg, außer der großen Ströme Elbe und Oder weisen eine mehr oder weniger hohe Zahl an Querbauwerken auf, die für Fische und andere in der Gewässesohle lebenden Organismen unüberwindbar sind. Der gleichzeitige Umbau aller Bauwerke übersteigt die Möglichkeiten der Wasserverwaltungen, deshalb hat das LfU der Erstellung eines Prioritätenkonzepts in Auftrag gegeben. Der Umbau der Querbauwerke konzentriert sich auf die Vorranggewässer für die ökologische Durchgängigkeit. Die überregionalen Vorranggewässer sind bereits von der Flussgebietsgemeinschaft (FGG) Elbe 2009 festgelegt worden. Sie stellen essenzielle Wanderwege der Langdistanzwanderfischarten wie z.B. Aal, Stör, Lachs, Meerforelle, Meer- und Flussneunauge, Nordseeschnäpel und Maifisch dar. Alle bis auf der Aal vollziehen eine anadrome Laichwanderung, d.h. sie leben die größten Teil ihres Lebens im Meer und kommen nur zum Laichen in die Süßgewässer. Die Jungfische verbringen dort ihre Jugend und wandern dann ins Meer ab. Der Aal ist ein katadromer Wanderfisch, da er umgekehrt ins Salzwasser (Saragossa See) zieht um dort zu laichen. Die Jungfische kommen als Glasaale zurück und wachsen in unseren Flüssen auf. Das LfU hat darüber hinaus regionale Vorranggewässer aufgewiesen, die eine wichtige Bedeutung als Laichgewässer für Langdistanzwanderer und als Dauerlebensraum für regional wandernde Fischarten (auch Kurzdistanzwanderer oder potamodrome Fische genannt) darstellen. Das Landeskonzept hat für das Netz von Vorranggewässern anhand von aktuellen Fisch-Vorkommen, historischen Daten und Modellierungen Referenzfischgemeinschaften erarbeitet, die die Fischfauna beschreiben, wie sie ohne anthropogene Störung aussehen würde. Durch den Vergleich von Refererenzfischgemeinschaft und aktuellen Vorkommen kann der ökologische Zustand bewertet werden. Darüberhinaus sind für einzelne Gewässerabschnitte Zielarten und Bemessungsfische festgelegt worden. Die Zielarten reagieren besonders empfindlich auf Veränderungen, die den Längsverlaufs unterbrechen und funktionieren als Indikatoren. Die Bemessungsfische sind augrund ihrer Größe oder physiologischen Leistungsfähigkeit (Schwimmkraft) maßgebend für die Dimensionierung von Fischwanderhilfen. Der Wasserbedarf der Fischwanderhilfen sollte am Finowkanal bei anderen Nutzungen wie Schleusenbetrieb und Wasserkraft berücksichtigt werden.
Der Finowkanal, das Pregnitzfließ, die Finow, die Schwärze mit dem Nonnenfließ sind als regionale Vorranggewässer festgelegt., das bedeutet, dass die ökologische Durchgängigkeit hier bevorzugt wiederhergestellt werden sollte. Das Ragöser Fließ besitzt keine Priorität, da es bereits durchgängig ist und im Gegensatz zu Finow und Schwärze nicht als Salmonidengewässer gilt.
Historische Quellen bezeugen in der Schwärze das Vorkommen von Meerforellen. Meerforellen sind Wanderformen der Bachforelle, die 50-80 cm (max. 1,1 m) lang und bis 20 kg schwer werden können. Sie besitzt eine ähnliche Lebensweise wie der Lachs.
Die Vorranggewässer für die ökologische Durchgängigkeit im Raum Eberswalde. Gelb – Vorranggewässer II Ordnung. Blau – kein Vorranggewässer.