Die Bewertung des ökologischen Zustandes erfolgt nach standardisierten Verfahren durch biologische Indikatorengruppen (in der WRRL als biologische Qualitätskomponenten bezeichnet). Seit langem werden Makroinvertebraten verwendet, um die Saprobie (Belastung mit organischen Bestandteilen) zu bestimmen. In den letzten Jahren sind jedoch auch für Fische, Phytoplankton (frei schwebende Algen) und Makrophyten (Wasserpflanzen) Bewertungsverfahren entwickelt worden. Wenn mehrere Komponenten untersucht werden, dann bestimmt die am schlechtesten bewertete Komponente das Endergebnis für den ökologischen Zustand.
Im Rahmen der Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie wurde bei der Bestandsaufnahme ein Netz von Monitoringpunkten etabliert, die in Abständen von 3 bis 6 Jahren untersucht werden. An allen Zuflüssen des Finowkanals und am Finowkanal selbst befinden sich je ein bis zwei Monitoringpunkte. Bisher ist an allen Flüssen die Fischfauna und an einigen das Makrozoobenthos untersicht worden. Durch die hohe Mobilität und die Ansprüche an Gewässerstrukturen und Durchgängigkeit sind die Fische gute Bioindikator für den Gewässerzustand. Weitere Komponenten wie Phytoplankton und Makrophyten sind bisher nicht untersucht worden. Unterstützende Qualitätskomponenten bei der Bewertung sind der ökologischen Zustandes sind der Wasserhaushalt, die Durchgängigkeit, die Morphologie und die chemisch-physikalischen Qualtätskomponenten wie Temperaturverhältnisse, Sauerstoffhaushalt, Salzgehalt, Versauerungszustand, Stickstoff- und Phosphorverbindungen.
Auf Grundlage der Ergebnisse des Monitorings und durch Einbeziehung vorhandenen Daten sind den Flüssen Maßnahmen zur Verbesserung des ökologischen Zustands zugeordnet worden. Alle relevanten Informationen sind hierabrufbar http://maps.brandenburg.de/WebOffice/?project=WRRL_www_WO.
Der ökologische Zustand / ökologisches Potential des Finow-Systems
Einerseits ist es erstaunlich zu sehen, dass die Flüsse Pregnitzfließ, Finow, Nonnenfließ und Schwärze, die alle in Naturschutzgebieten liegen, nur einen mäßigen und teilweise schlechten ökologischen Zustand aufweisen, andererseits ist erfreulich, dass mit dem Ragöser Fließ eines der wenigen Gewässer mit gutem ökologischen Zustand quasi vor der Haustür liegt. An der Schwärze wurde von Studenten der HNEE in den Semester-Übungen und in Abschlussarbeiten ein guter ökologischer Zustand ermittelt. Sie untersuchten jedoch nur das Makrozoobenthos. Die Bewertung der Fischfauna bewirkte eine Abstufung in die mäßigen ökologischen Zustand.
Die ermittelten signifikanten Belastungen unterschieden sich von Fluss zu Fluss nur wenig. In den Gewässersteckbriefen werden folgende Belastungen angegeben: Einträge aus Punktquellen wie Niederschlagswasserentlastungen, in Siedlungsbereichen aus kommunalen Abwassereinleitungen, Einträge aus diffusen Quellen aus der Landwirtschaft und aus Ableitungen ohne Anschluss an ein Kanalnetz, physikalische Veränderungen des Flussbettes, vorhandene Dämme, Querbauwerke und Schleusen sowie hydrologische Änderungen. Die Auswirkungen der Belastungen werden angegeben mit: Verschmutzung durch Chemikalien, Veränderung von Habitaten auf Grund morphologischer Änderungen (einschließlich der Durchgängigkeit)und die Belastung mit Nährstoffen. Die daraus abgeleiteten Maßnahmen zur Verringerung der Belastungen sind erstmal nur hypothetischer Natur und bedürfen der weiteren Planung.